1、民事合同纠纷应作以下处理；
（1）优先由民事合同纠纷的当事人进行友好协商；
（2）如果当事人无法自行协商的，可以申请第三方居中调解，或根据仲裁约定申请仲裁；
（3）还是不能解决纠纷的，当事人可以直接向法院起诉。
2、法律依据
《中华人民共和国民法典》
第二百三十三条 物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。
《中华人民共和国民事诉讼法》
第五十三条 双方当事人可以自行和解。
第一百二十三条 起诉应当向人民法院递交起诉状，并按照被告人数提出副本。
书写起诉状确有困难的，可以口头起诉，由人民法院记入笔录，并告知对方当事人。
第一百二十五条 当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。