1、性质不同
(1)检察院是国家的法律监督机关，同时也是公诉案件的审查起诉机关。其主要职责是负责审查批准逮捕，其自侦案件的侦查，以及审查起诉，和所有公诉案件的提起公诉与出庭作控方。
(2)法院是国家的审判机关，其主要职责是依法行使审判权，包括民事案件，刑事案件和行政案件的审判。 法院与上级法院之间是审判监督关系，不是检察院之间的领导关系。
2、职能不同
(1)法院的职责主要是依据法律作出裁判，另外还有强制执行职责。
(2)检察院的职责是对执法机关(主要是行政机关)及司法机关(主要是法院和公安)进行监督。检察院除了承担提出公诉外，还承担对贪污、渎职、滥用职权等犯罪的侦查、对犯罪嫌疑人的审查批准逮捕、对监狱等改造机关的监督等等职责。
3、监督与被监督的关系
检察院自己对贪污贿赂等国家工作人员犯罪案件有侦察权，可以自己立案侦察起诉，而对于公安机关的侦察工作和法院的审判工作,检察院是监督的作用。