购买方主管税务机关对认证发现的失控发票，应按照规定移交稽查部门组织协查。
1、属于销售方已申报并缴纳税款的，可由销售方主管税务机关出具书面证明，并通过协查系统回复购买方主管税务机关，该失控发票可作为购买方抵扣增值税进项税额的凭证。
因此，纳税人正常经营且存在真实交易的，增值税发票被认定为失控发票，一方面应该按照要求将抵扣联原件报税务机关（如果已经申报抵扣的，还要将进项税额转出）。另一方面及时联系销货方，核实其造成发票失控的真正原因，如果属于税务机关责任以及技术性错误造成的，经税务机关相关流程核实后，将允许作为增值税进项税额的抵扣凭证；
2、如果属于未向税务机关申报或未按规定缴纳税款的，应督促其依法申报缴纳税款，经税务机关核实已申报并缴纳税款后，也将允许作为增值税进项税额的抵扣凭证。如果发现销货方存在违规行为或拒不履行其纳税义务的，应主动向税务机关举报，协助税务机关追缴税款，维护自身的合法权益。